きちんと設定できているはずなのに何故かヘッダーロゴ横に作ったメニューが表示されていない時ってあると思います。
私がそうでした。
下記のような感じに表示できているはずなのにメニュー部分が表示されていない状態です。

正確には表示されているのですが、文字色が白になっており見えていないんですよね。
ちゃんとマウスカーソルを合わせてクリックしたら各ページには行けます。
最初はそれに気付かず、設定はちゃんと出来ているはずなのに表示されていないと思い込みずっとアレコレと試していました。
ふと空白に見えている部分をクリックするとページに飛べたので文字色がおかしいだけやと気付けました。
WordPress管理画面の外観>カスタマイズをクリックし、左側のメニューの中からヘッダーをクリックします。
そこで表示される左側のメニューを少し下にスクロールすると「トップページでの特別設定」という項目があります。
その中で「ヘッダーの背景を透明にするかどうか」という項目があり、する(文字色:白)とする(文字色:黒)があります。

ヘッダー部分の色と同色を選択している場合、文字が見えない状態になるのでもし設定をしているのに見えていない場合はここの文字色を変更すると見えるようになるかもしれません。
まあ私がアホなだけでした。